Para esto, matarían a miembros de una banda de narcotraficantes de Jutiapa y pondrían en sus manos fusiles AK-47 para implicarlos. Aunque la gobernación y la fiscalía no dijeron que el crimen tuviera vinculación con el narcotráfico y ofrecieron una conferencia de prensa, el presidente guatemalteco Oscar Berger dijo que según la información que él manejaba en ese momento, fue una banda de narcotraficantes la que pagó por ejecutar a los diputados. El 19 de noviembre de 2010, mediante un comunicado, la comisión informó que el comisionado Francisco Dall’Anese, retiró la inmunidad a Gisele Rivera ya que ella estaba siendo investigada por Guatemala; gracias a que Dall’Anese retiró la inumidad a Rivera, el Ministerio Público guatemalteco pudo pedir la captura internacional de la investigación y últimamente está en la lista de pendientes de la Policía Internacional (INTERPOL).
El presidente guatemalteco dijo que seguramente los agentes esperaban obtener un botín de dinero o de droga, pero al verse frustrados de no encontrar nada en el vehículo, asesinaron a los diputados; por su parte, el presidente salvadoreño hizo declaraciones similares respecto a las circunstancias en las que se produjeron las muertes. En unas declaraciones que el vicepresidente de Guatemala diera a la Prensa Gráfica, dijo que este crimen era similar al de John F. Kennedy, que al final no se resolvió. Hacía declaraciones muy llamativas en el palco cuando finalizaban los partidos. Esto se dio porque la selección celeste tuvo más partidos ganados que Argentina en el campeonato.
Ha sido internacional en todas las categorías inferiores de la selección de España. Los hermanos Henry Danilo y José Daniel Benítez estaban bajo las órdenes de Javier Figueroa; en 2006 ambos constituyeron la empresa de seguridad privada «Seguridad Global Urbana» SEGURSA. Otras pruebas que condujeron al arresto fueron un video de una empresa de transportes y la declaración de testigos; el ministro Vielmann confirmó que continúa la búsqueda de otros dos sospechosos mientras que el presidente Saca, elogió a las autoridades guatemaltecas por su rápido accionar en la investigación del crimen. El 15 de marzo los hermanos José Luis y Henry Benítez presentaron una denuncia contra el presidente de elPeriódico, José Rubén Zamora y la jefa de Redacción Ana Carolina Alpírez, acusándolos de ser los autores intelectuales de tentativa de asesinato y amenazas; de acuerdo a la denuncia, el 8 de marzo, elPeriódico realizó una investigación, denunciando que los hermanos Benítez forman parte de un grupo que opera en la policía y que protagonizó un operativo en septiembre de 2006 donde ingresaron a la cárcel de Pavón con capuchas y fusiles M-16 y habrían dado muerte extrajudicialmente a siete prisioneros.
A Gisele Rivera se le atribuyen las pesquisas sobre grupos criminales amparados por el Ministerio de Gobernación durante el gobierno anterior, a los cuales acusa como responsables de los casos Parlacen, Boquerón y Pavón. El supuesto testigo era un exagente del DINC y acusó a estos grupos paralelos como los responsables de la muerte de los diputados salvadoreños y de los policías ejecutados en El Boquerón. De acuerdo a una entrevista que se le hizo al director de la policía ese día, en el mapeo de la zona aparecía la señal del GPS de un vehículo policial en el mismo sector donde se produjeron los asesinatos, y que no tenía porqué estar allí; cuando la policía verificó de qué vehículo se trataba se encontró que éste concordaba con un vehículo de las mismas características que un testigo había visto en el mismo lugar. Cuatro agentes de la Policía Nacional Civil de Guatemala fueron arrestados el 23 de febrero acusados del homicidio de los diputados y su chofer; el fiscal del caso, Álvaro Matus, indicó que la clave detrás de los arrestos fue el sistema de GPS (Posicionamiento Global por Satélite) instalado en el vehículo policial, que ubica a los sospechosos en lugar del crimen.
Por otra parte, fuentes del Sistema Penitenciario de Guatemala explicaron a medios locales que «un comando de hombres armados» ingresaron a «El Boquerón», amenazaron a los guardias de seguridad y al resto de reclusos y por varios minutos buscaron a los reos asesinados. Según fuentes de seguridad consultadas en Guatemala, el grupo de «Zacarías» habría estado compuesto por cuatro jefes y un número desconocido de operativos. Durante el gobierno de Alfonso Portillo, opiniones madridshop es «Zacarías» siguió trabajando con empresarios en asesorías de seguridad. «Zacarías» era uno de los hombres más cercanos a Vielmann. Rivera -a quien apodaban como “Zacarías”- era venezolano y viajaba en varios vehículos oficiales acompañado de hombres armados; sus primeros contactos telefónicos los hizo desde la frontera con Guatemala a eso de las dos de la tarde y pedía un encuentro urgente con él en San Salvador. Soto Diéguez autorizó que se lo trasladaran a los hombres que estaban bajo su mando.
Durante la interpelación al ministro de Gobernación y del jefe de la Policía ante el Congreso, el Partido Patriota -PP- proyectó tres videos que mostraban a tres supuestos testigos, y uno de ellos denunció la existencia de escuadrones de la muerte dentro de la PNC, dirigidos por Víctor Soto y Javier Figueroa, quienes para entonces ya habían sido destituidos como director subdirector de la DINC, respectivamente. También estaban el jefe de la Dirección de Investigaciones Criminales, Víctor Hugo Soto y uno de los asesores de Vielman, el venezolano Víctor Rivera, conocido como «Zacarías», quien ya había fallecido, muriendo un año y dos meses después del crimen de los diputados. Uno de los jefes de este último grupo era Luis Herrera López, jefe de la Unidad contra el Crimen Organizado hasta el día de su captura, acusado del homicidio de los diputados salvadoreños.
Paralelamente, desde la Policía Nacional Civil, otro grupo habría operado extrajudicialmente. En Guatemala, en 1997, Rivera fue objeto de un escándalo cuando un grupo de víctimas de secuestros lo acusó de mantener información sobre los plagios y no entregarla a las autoridades, lo que llevó a un cateo de sus oficinas en las que la Policía no encontró ningún documento. Víctor Rivera llegó a la frontera de El Salvador desde donde intentó localizar a Rodrigo Ávila, en ese entonces jefe de la policía salvadoreña. Mientras, en las afueras de la prisión varios agentes policiales y periodistas mostraban en sus teléfonos celulares las fotos de los cadáveres acribillados a balazos; mientras que los presos retuvieron como rehenes en la cárcel a cinco funcionarios -el alcaide, el jefe de seguridad y tres agentes- argumentando que no querían que se les acusara del crimen de los policías.
Estos periodistas pertenecían en un principio al Diario 16, cuyo director fue cesado al tener indicios de la investigación. El 9 de marzo, los hermanos Benítez supuestamente fueron atacados a tiros y acusaron a elPeriódico de ser los autores intelectuales de la tentativa de asesinato; en ese momento, el director de la Policía Nacional Civil, Edwin Sperissen, se unió a las acusaciones de los hermanos Benítez y responsabilizó a elPeriódico por poner en riesgo la vida de sus asesores. Habrían recibido entrenamiento militar en Israel y trabajaban ad-honorem en la policía Nacional. Más de cuatrocientos agentes de la policía y miembros del Ejército, ocuparon luego la prisión y aislaron a los para evitar que se amotinaran los reclusos. Una eligió las escalinatas frente al Capitolio, uno de los emblemas del poder político de su país, y la otra, la plaza de Trafalgar Square de Londres. De acuerdo a Sperisen, los agentes fueron capturados y reconocieron su culpabilidad; aunque en un momento dado pidieron algún tipo de negociación a cambio de decir quién está detrás de la autoría intelectual de los asesinatos; igualmente, el jefe de la policía guatemalteca informó en ese momento que se trataba de una situación compleja porque los policía actuaron individualmente, por su propia iniciativa y utilizaron recursos de la institución policial sin tener autorización para hacerlo.